Moduł Struktura i właściwości materii uzmysławia uczniom, że wszystko wokół nas jest materią. Zrozumienie tej koncepcji może być trudne, biorąc pod uwagę fakt, że materia nie zawsze jest widoczna gołym okiem, na przykład wtedy, gdy występuje w postaci gazowej. Ponadto trudności może nastręczyć rozpoznanie, kiedy materia jest mieszaniną lub roztworem.
W module Struktura i właściwości materii zaproponowano sześć serii praktycznych, opartych na dociekaniach działań badawczych, których celem jest zaznajomienie uczniów z pojęciami i zjawiskami związanymi z materią. Dzięki ich realizacji uczniowie poznają stany skupienia materii oraz pojęcie właściwości fizycznych i chemicznych, w tym: objętość, masę, temperaturę krzepnięcia, temperaturę topnienia, temperaturę wrzenia i zdolność do tworzenia mieszanin i roztworów. Uczniowie zdobywają również umiejętność opisywania materii i przewidywania jej oddziaływań z innymi rodzajami materii.
W module jest omawiana koncepcja zmian chemicznych – uczniowie, próbując rozdzielić na składniki mieszaniny, w jakich zaszły reakcje chemiczne, uzmysławiają sobie, że materia może ulegać przemianom, w wyniku których powstają nowe substancje. Na koniec pracy z modułem uczniowie wykorzystują zdobytą wiedzę w praktyce. Działając jako inżynierowie, projektują system filtracji do oczyszczania wody.